Sodyum hipokloritin dezenfeksiyon prensibi esas olarak üç yönü içerir:
Hipokloröz asit hidroliz yoluyla oluşur ve hipokloröz asit daha fazla ayrışarak yeni ekolojik oksijen oluşturur. Yeni ekolojik oksijenin güçlü oksitleyici özelliği, bakteri ve virüslerdeki proteinler gibi maddeleri denatüre ederek patojenik mikroorganizmaları öldürür.
Hipokloröz asit bakterilerin (virüslerin) içine nüfuz edebilir ve bakteriyel (viral) proteinler, nükleik asitler ve enzimler gibi organik polimerlerle reaksiyona girerek patojen mikroorganizmaları öldürebilir.
Hipokloröz asitin ürettiği klorür iyonları, bakteri ve virüslerin ozmotik basıncını önemli ölçüde değiştirebilir, hücrelerinin aktivitelerini kaybetmelerine ve ölmelerine neden olabilir.