Kanalizasyonda zararlı maddelerin yanı sıra sayısız bakteri ve virüs de bulunmaktadır. Bu nedenle musluk suyu ve kanalizasyon arıtma tesislerinin atık su aşamasında sudaki bakteri ve virüsleri öldürmek için klor dezenfeksiyonu yaygın olarak kullanılmaktadır.
Endüstriyel dolaşımdaki soğutma suyunun arıtılmasında, yosunları sterilize etmek ve uzaklaştırmak için klor da kullanılır. Soğutma suyu sirkülasyonu sürecinde suyun bir kısmının buharlaşması nedeniyle sudaki besinler yoğunlaşır ve bakteri ve diğer mikroorganizmalar büyük miktarlarda çoğalarak kolayca balçık kir oluşturur. Çok fazla balçık kiri borunun tıkanmasına ve korozyona yol açacaktır.
Klorlama genellikle bakterileri ve diğer mikroorganizmaları öldürmek için genellikle şişelenmiş klorda suya klor enjekte etmeyi içerir.
Bakterisidal etkiyi sürdürmek için, deşarj edilen suda ve su şebekesinin sonunda 0'da kalan klorun daima {{0}}.5 ~ 1mg/L seviyesinde tutulması gerekir. 0,05 ~ 0,1 mg/L.